本发明公开了一种预示和鉴定甜瓜橙色果肉性状的分子标记及其引物与应用,属于甜瓜分子标记辅助选择育种技术领域。该分子标记HF如SEQ ID NO.1所示,其中SEQ ID NO.1所示核苷酸序列第640位碱基m为G,则鉴定为橙色果肉的甜瓜。本发明还提供了一种分子标记HF的引物对以及一种利用该引物对的鉴定甜瓜橙色果肉性状的方法,该鉴定方法可以在甜瓜的幼苗期即可对甜瓜果肉颜色进行辅助选择,操作简便结果明确,大大提高了育种效率缩短育种年限,加快育种工作效率。该分子标记HF和其引物对以及鉴定方法可用于甜瓜分子标记辅助育种、甜瓜果肉性状辅助鉴定和辅助育种、甜瓜果肉性状筛选。