Provided is a complex composition, of which positional isomers are minimized by using a N-terminus of an immunoglobulin Fc region as a binding site when the immunoglobulin Fc region is used as a carrier. Also provided are a protein complex which is prepared by N-terminal-specific binding of immunoglobulin Fc region, thereby prolonging blood half-life of the physiologically active polypeptide, maintaining in vivo potency at a high level, and having no risk of immune responses, a preparation method thereof, and a pharmaceutical composition including the same for improving in vivo duration and stability of the physiologically active polypeptide. The protein complex may be usefully applied to the development of long-acting formulations of various physiologically active polypeptide drugs.L'invention concerne une composition complexe dont les isomères de position sont minimisés par l'intermédiaire d'un N-terminal d'une région Fc d'immunoglobuline en tant que site de liaison lorsque la région Fc d'immunoglobuline est utilisée en tant que vecteur. L'invention concerne également un complexe de protéines qui est préparé par la liaison spécifique N-terminal de la région Fc d'immunoglobuline, ce qui permet de prolonger la demi-vie dans le sang du polypeptide physiologiquement actif, et de maintenir la puissance in vivo à un niveau élevé, sans présenter aucun risque de réponse immunitaire. L'invention porte également sur le procédé de préparation du complexe, et sur une composition pharmaceutique le comprenant pour améliorer la durée in vivo et la stabilité du polypeptide physiologiquement actif. Le complexe de protéines préparé selon la présente invention peut être appliqué de manière utile au développement de formulations à action prolongée de différents médicaments polypeptidiques physiologiquement actifs.