本发明公开了一种提高植物耐盐耐旱性的蛋白及其编码基因与应用。所述提高植物耐盐耐旱性的蛋白的序列如SEQ ID NO.1所示,命名为MePMP3-2;编码上述蛋白的基因的序列如SEQ ID NO.2所示,命名为MePMP3-2基因。MePMP3-2基因编码的蛋白质定位于植物的细胞膜中,将该蛋白质的编码基因MePMP3-2导入植物中,可以提高转基因植物种子在ABA、NaCl和甘露醇处理下的萌发率;增加转基因植物在高盐和高甘露醇逆境下的根长及苗长;使转基因植物在干旱和高盐的胁迫下具有更高的存活率、较低的丙二醛(MDA)含量和较高的脯氨酸(Pro)含量;转基因植物中OsProT、OsP5CS、OsDREB2A和OsLEA3等逆境相关基因的相对表达量在逆境胁迫下均表现出不同程度的上调。