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基于转录组测序开发艾纳香SSR引物的方法
- 专利权人:
- 中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所
- 发明人:
- 官玲亮,庞玉新,陈振夏,于福来,王凯,谢小丽,江芊
- 申请号：
- CN201710774670.2
- 公开号：
- CN108192893A
- 申请日:
- 2017.08.31
- 申请国别(地区):
- 中国
- 年份:
- 2018
- 代理人:
- 李平
- 摘要：
- 本发明提供一种基于转录组测序开发艾纳香SSR引物的方法：获得艾纳香基因组转录的集合，形成序列数据库；用Trinity将测序序列拼接成一个转录组，取每条基因中最长的转录本作为Unigene；Unigene序列生物信息学分析；采用MISA1.0对Unigene进行SSR检测；用Primer3进行SSR引物设计，进行SSR引物多态性鉴定。本发明成功设计17979对SSR引物，筛选与活性成分代谢途径相关的30对引物，对不同来源地的9份艾纳香DNA进行验证，其中多态性引物共有27对，利用这27对SSR引物可以区分不同地理来源的艾纳香植物材料。本发明为艾纳香SSR引物开发提供了新思路。
- 来源网站：
- 中国工程科技知识中心
- 来源网址：
- http://www.ckcest.cn/home/
