In the endoscope system, a first transmittance in a first wavelength band including an excitation wavelength for generating fluorescence is a predetermined transmittance, and a transmittance in a second wavelength band is a first transmittance A second filter in which the transmittance in the first wavelength band is a predetermined transmittance and the transmittance in the second wavelength band is the second transmittance and a second filter in which the transmittance in the second wavelength band is the second transmittance, A light source device which emits light in the first and second wavelength bands by interposing a first or second filter in the light source device, a camera unit, and a light source device for maintaining the brightness of the reflected light image at a reference value A control unit that performs control for switching a filter inserted on the optical path from the first filter to the second filter when the brightness of the reflected light image becomes less than the reference value after performing the control .内視鏡システムは、蛍光を発生させるための励起波長を含む第1の波長帯域の透過率が所定の透過率でありかつ第2の波長帯域の透過率が第1の透過率である第1のフィルタと、第1の波長帯域の透過率が所定の透過率でありかつ第2の波長帯域の透過率が第2の透過率である第2のフィルタと、光源から発せられる光の光路上に第1または第2のフィルタを介挿させることにより、第1及び第2の波長帯域の光を出射する光源装置と、カメラユニットと、反射光画像の明るさを基準値に維持するための制御を行った後で、反射光画像の明るさが基準値未満になった際に、光路上に介挿されるフィルタを第1のフィルタから第2のフィルタへ切り替えるための制御を行う制御部と、を有する。
