本发明公开了一种利用ITS序列鉴定库拉索芦荟品种的方法,包括以下步骤:(1)收集健康新鲜芦荟样品的成熟叶片,提取总DNA;或者从芦荟食品中提取芦荟凝胶总DNA;(2)以步骤(1)中提取的DNA为模板,使用SEQ ID NO:2和3所示引物进行PCR扩增反应,扩增ITS序列;(3)PCR产物进行直接测序;(4)利用MEGA4.1软件对测序结果进行序列比对和聚类分析,绘制系统发育树,根据序列比对和聚类分析结果鉴定库拉索芦荟品种。其中,所述的ITS序列来源于库拉索芦荟的rDNA ITS序,是位于18S和26SrRNA之间的DNA序列,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。本发明的方法操作简单易行,可达到方便、快速、客观、准确区分库拉索芦荟与其他芦荟品种的目的。