本发明公开了一种在水稻分蘖芽基部和穗特异表达的启动子的应用,属于植物基因工程领域。在水稻分蘖芽基部和穗特异表达的启动子为OsNPF7.4基因的启动子,其序列如SEQ ID NO.1所示。本发明通过构建启动子‑GUS转基因植株及GUS表达活性检测,发现该启动子能够启动下游基因在水稻分蘖芽基部和穗中特异性表达,该启动子的表达部位与水稻产量的重要性状分蘖和种子灌浆结实关系密切。将OsNPF7.4基因的启动子应用于转基因工程中,可在水稻营养生长阶段促进分蘖芽的伸长或基因在分蘖芽基部的表达积累;同时,也可在水稻生殖生长阶段促进穗灌浆结实或基因在穗部的表达积累,因此该启动子在转基因工程中有良好的应用前景。