LAUMONT, Céline,THIBAULT, Pierre,LEMIEUX, Sébastien,PERREAULT, Claude
申请号：
CACA2019/051186
公开号：
WO2020/041876A1
申请日:
2019.08.28
申请国别(地区):
CA
年份:
2020
代理人:
摘要：
T cells, notably CD8 T cells, are known to be essential players in tumor eradication as the presence of tumor-infiltrating lymphocytes (TILs) in several cancers positively correlates with a good prognosis. To eliminate tumor cells, CD8 T cells recognize tumor antigens, which are MHC I-associated peptides present at the surface of tumor cells, with no or very low expression on normal cells. Described herein a proteogenomic approach using RNA-sequencing data from cancer and normal-matched mTEChi samples in order to identify non-tolerogenic tumor-specific antigens derived from (i) coding and non-coding regions of the genome, (ii) non-synonymous single-base mutations or short insertion/deletions and more complex rearrangements as well as (iii) endogenous retroelements, which works regardless of the sample's mutational load or complexity.La présente invention se rapporte à des lymphocytes T, notamment des lymphocytes T CD8, connus pour leur rôle essentiel dans l'éradication de tumeurs, la présence de lymphocytes infiltrant les tumeurs (TIL) dans plusieurs cancers étant en corrélation positive avec un bon pronostic. Les lymphocytes T CD8 reconnaissent des antigènes tumoraux, qui sont des peptides associés au CMH I présents à la surface de cellules tumorales, sans ou à très faible expression sur des cellules normales, permettant ainsi d'éliminer des cellules tumorales. L'invention concerne une approche basée sur la protéogénomique utilisant des données de séquençage d'ARN provenant d'échantillons cancéreux et de mTEChi à correspondance normale afin d'identifier des antigènes spécifiques à une tumeur non tolérogène dérivés (i) de régions de codage et de non-codage du génome, (ii) de mutations à base unique non synonymes ou des insertions/délétions courtes et des réarrangements plus complexes ainsi que (iii) des rétro-éléments endogènes, qui fonctionnent indépendamment de la charge ou de la complexité de la mutation de l'échantillon.
