The present invention includes, for example, presenter proteins (eg, members of the FKBP family, members of the cyclophylline family, or PIN1) and target proteins (eg, eukaryotic target proteins such as mammalian target proteins or fungal target proteins or prokaryotic targets). It is characterized by compounds (eg macrocyclic compounds) capable of modulating biological processes through binding to proteins such as bacterial target proteins. Such compounds bind endogenous intracellular presenter proteins such as FKBP or cyclophylline, and the resulting binary complexes selectively bind to modulate the activity of intracellular target proteins. Formation of ternary complexes in presenter proteins, compounds and target proteins is induced by both protein-compound and protein-protein interactions, both required for the regulation of the activity of the targeted protein.본 발명은 예를 들어 프리젠터 단백질 (예를 들어, FKBP 계열의 구성원, 사이클로필린 계열의 구성원, 또는 PIN1) 및 표적 단백질 (예를 들어, 진핵 표적 단백질 예컨대 포유동물 표적 단백질 또는 진균 표적 단백질 또는 원핵 표적 단백질 예컨대 박테리아 표적 단백질)에 대한 결합을 통해 생물학적 과정을 조절할 수 있는 화합물 (예를 들어, 거대환형 화합물)을 특징으로 한다. 이러한 화합물은 내인성 세포내 프리젠터 단백질, 예컨대 FKBP 또는 사이클로필린을 결합하고, 생성된 2원 복합체는 선택적으로 결합하여 세포내 표적 단백질의 활성을 조절한다. 프리젠터 단백질, 화합물 및 표적 단백질 중의 3원 복합체의 형성은 단백질-화합물 및 단백질-단백질 상호작용 모두에 의해 유도되고, 둘 모두는 표적화된 단백질의 활성의 조절을 위해 요구된다.
