本发明属于农作物分子育种技术领域。具体涉及一种控制白菜型油菜多室角果基因BrCLV3的克隆与应用。该基因的DNA序列如SEQ ID NO:1所示,序列全长3527bp,包含3个外显子,2个内含子,编码94个氨基酸。该基因编码的蛋白质具有信号肽和CLE motif,其蛋白质的序列如SEQ ID NO:2所示。利用转基因技术获得BrCLV3转化拟南芥clv3-2突变体的植株,7个株系能将突变体的多室角果恢复成两室。同时,体外多肽(SEQ ID NO:2所示)处理实验发现BrCLV3多肽的第9位脯氨酸突变成亮氨酸后丧失了对植株的抑制能力。本发明克隆的基因为油菜产量育种提供了新的基因资源。