本发明公开了一种增加水稻产量的丙酮酸激酶等位基因片段及其应用。本发明提供了鉴定或辅助鉴定水稻产量性状的方法,包括:1)检测待测水稻基于特异基因片段的基因型;所述特异基因片段位于水稻基因组中,为OsPK3,存在OsPK3_1和OsPK3_2两种等位形式,所述OsPK3_1如SEQ ID No.1所示,所述OsPK3_2如SEQ ID No.2所示;2)进行如下判定:同等条件下,基因型为OsPK3_2纯合型的水稻群体的平均产量显著高于基因型为OsPK3_1纯合型的水稻群体的平均产量,且前者的基因型值显著大于零。利用本发明提供的方法可鉴定水稻中哪些含有特定的高产基因,从而为选育高产水稻提供供体材料,操作简单,准确率高,在水稻育种中具有重要的应用价值。