PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an endoscope system which reduces the effect of rolling shutter distortion on an image particularly important in diagnosis to obtain a clear image, and also to provide a method of operating the endoscope system.SOLUTION: An endoscope system 10 comprises: a light source unit 20 which generates illumination light including one of first color light and second color light of which turning on and off can be performed independently of one another an image sensor 48 an imaging control unit 53 which reads signals from the image sensor 48 by a rolling shutter method and a light source control unit 22 which turns on the first color light and the second color light in a storage period, and keeps the first color light on and turns off the second color light in a readout period.SELECTED DRAWING: Figure 9COPYRIGHT: (C)2018,JPO&INPIT【課題】診断において特に重要な像に対するローリングシャッタ歪みの影響を低減して明瞭な画像が得られる内視鏡システム及び内視鏡システムの作動方法を提供する。【解決手段】内視鏡システム10は、点灯及び消灯を各々独立に制御可能な第1色光または第2色光のいずれかを含む照明光を発生する光源部20と、イメージセンサ48と、イメージセンサ48からローリングシャッタ方式で信号を読み出す撮像制御部53と、蓄積期間において第1色光及び第2色光を点灯し、読出期間において第1色光の点灯を維持し、かつ、読出期間において第2色光を消灯する光源制御部22と、を備える。【選択図】図9