The invention provides methods and pharmaceutical compositions that can treat autoimmune disease by reducing the production of pyrophosphate intermediates produced during the biosynthesis of isoprenoids. The pyrophosphate compounds being inhibited are normally produced through the mevalonate and non-mevalonate pathways of the host vertebrate organisms and their symbiotic and pathogenic microorganisms. The methods involve administering to a patient an inhibitor of the mevalonate-dependent pathway, an inhibitor of the non-mevalonate pathway, or combination of such inhibitors.L'invention concerne des procédés et des compositions pharmaceutiques qui peuvent traiter une maladie auto-immune en réduisant la production d'intermédiaires pyrophosphate produits pendant la biosynthèse d'isoprénoïdes. Les composés pyrophosphate qui sont inhibés sont normalement produits par les voies du mévalonate et non mévalonate des organismes vertébrés hôtes et de leurs microorganismes symbiotiques et pathogènes. Les procédés comprennent l'administration à un patient d'un inhibiteur de la voie dépendant du mévalonate, d'un inhibiteur de la voie non mévalonate, ou d'une combinaison de ces inhibiteurs.