本发明属于植物基因工程领域,具体涉及两个花药发育特异启动子及应用。从拟南芥哥伦比亚野生型中得到两个花药后期高效特异表达并能受到高温诱导表达的启动子PAtCKL2和PAtCKL7,这两个启动子的核酸序列如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示。这两个启动子在花药发育后期特异高效表达。通过高温处理启动子PAtCKL2和PAtCKL7的转基因拟南芥植株,表明在高温胁迫下PAtCKL2和PAtCKL7启动子能驱动GUS基因在拟南芥花药的早期组织中表达。还公开了所述启动子构建的表达盒的结构以及其在拟南芥和各作物中的基因工程改良,以最终创制雄性不育系或者改良高温胁迫下对雄性生殖器官发育的调控的应用。