PROBLEM TO BE SOLVED: To provide an image processing apparatus capable of enhancing the estimation accuracy of the switching position of an object, and to provide an endoscope system and an image processing method.SOLUTION: An image processing apparatus includes an image acquisition unit 100 for acquiring a time series image captured in time series, and a processing unit 200 for detecting a switching position, i.e., a position where a target captured in the time series image is switched from a first target to a second target. The processing unit 200 extracts the feature amount from each image of the time series image, determines whether a target captured in each image is the first target or second target based on the feature amount, extracts a candidate position of the switching position based on the determination results, and then determines the switching position by comparing the candidate positions based on the determination results.【課題】対象物の切り替わり位置の推定精度を向上できる画像処理装置、内視鏡システム及び画像処理方法等を提供すること。【解決手段】画像処理装置は、時系列に撮像された時系列画像を取得する画像取得部１００と、時系列画像に写された対象物が第１の対象物から第２の対象物に切り替わる位置である切り替わり位置を検出する処理部２００と、を含む。処理部２００は、時系列画像の各画像から特徴量を抽出し、特徴量に基づいて各画像に写された対象物が第１の対象物であるか第２の対象物であるかの判定を行い、判定の結果に基づいて切り替わり位置の候補位置を抽出し、判定の結果に基づいて候補位置の比較を行って切り替わり位置を決定する。【選択図】図１
