本发明涉及一种玉米胚乳特异表达启动子PMAP启动子、其克隆方法及其应用。本发明首次分离到一个可在玉米胚乳中特异性表达的启动子——plasma membrane associated protein (PMAP)启动子。该启动子具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列,或该序列经取代、缺失和/或添加一个或几个核苷酸且具有同等功能的由其衍生的核苷酸序列。本发明从克隆玉米胚乳特异表达启动子PMAP启动子入手,通过对PMAP启动子的功能分析,从实验水平验证了该启动子适用于启动目标基因在玉米胚乳中特异性表达,而在其他组织中低表达或不表达。为植物基因工程表达载体构建提供了合适的调控元件,为实验室其他课题的研究进行提供了新的材料。