In the present invention, provided is a pharmaceutical composition for treating or preventing autoimmune diseases, including mesenchymal stem cells derived from bone marrow as an active ingredient, wherein the mesenchymal stem cells derived from bone marrow plays roles in inhibiting generation of anti-dsDNA antibodies, proteinuria and total IgG without any toxicity, the proliferation of T cells and B cells and expression of cytokines in T cells, thereby having effects of preventing or treating autoimmune diseases. In the present invention, systemic lupus erythematosus is inflammation in the kidney by autoantibody and immune complex and immunocyte infiltration is increased in systemic lupus erythematosus. When mesenchymal stem cells derived from bone marrow of the present invention are administered, systemic lupus erythematosus is prevented or treated by reducing immunocyte infiltration.COPYRIGHT KIPO 2015본 발명은 인간 골수 유래 중간엽 줄기세포를 유효성분으로 포함하는 자가면역질환의 예방 또는 치료용 약제학적 조성물을 제공한다. 본 발명의 인간 골수 유래 중간엽 줄기세포는 독성을 나타내지 않으면서 항-dsDNA 항체, 단백뇨 및 총 IgG 생성을 억제시키고, T 세포 및 B 세포의 증식을 억제하며, T 세포의 사이토카인 발현을 억제시킴으로써 자가면역질환에 대해 예방 또는 치료 효능을 나타낸다. 루푸스는 자가 항체와 면역복합체에 의하여 신장에 염증이 발생하게 되며, 면역세포의 침윤이 증가하게 되는데 본 발명의 인간 골수 유래 중간엽 줄기세포를 투여한 경우, 신장으로의 면역세포 침윤을 감소시킴으로써 루푸스에 대하여 예방 또는 치료 효과를 나타낸다.