RNA二级结构预测SVMs模型研究

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作   者：

何静媛;  何中市;  陈自郁; 

作者机构：

重庆大学计算机学院; 

关键词：

支持向量机;  伪结;  NSSEL标签;  RNA二级结构;  stem-loop结构; 

期刊名称：

深圳大学学报(理工版)

基金项目：

i s s n：

1000-2618

年卷期：

2008 年 04 期

页   码：

403-408

摘   要：

扩展NSSEL标签,对RNA分子中的stem-loop结构和伪结结构进行标记.将RNA分子序列中的碱基编码输入,经过支持向量机(support vector machines,SVMs)模型计算输出相应的结构标记.该模型经过训练后,待预测的RNA分子序列可得到对应的结构标识序列,这些标识序列可通过特定算法,唯一构建包括伪结在内的二级结构.实验结果表明,该算法在可接受的预测精度范围内具有较低的计算复杂度,克服了传统算法计算时间过长,无法在有限时间内得到有效结果的缺点.