威宁牛和关岭牛Y染色体基因组遗传多样性研究

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作   者：

吴道义;  李昱姗;  阎卉萱;  王明进;  曾继晶;  雷初朝;  马金萍; 

作者机构：

贵州省毕节市畜牧兽医科学研究所;  西北农林科技大学动物科技学院; 

关键词：

遗传多样性;  威宁牛;  Y染色体基因组;  关岭牛;  父系起源; 

期刊名称：

黑龙江畜牧兽医

i s s n：

1004-7034

年卷期：

2024 年 019 期

页   码：

34-37,45

摘   要：

为了从全基因组水平上探究威宁牛与关岭牛Y染色体基因组遗传多样性及其父系起源,试验利用生物信息学方法对 10 头关岭牛公牛与 20 头威宁牛公牛进行全基因组重测序,并对其 Y染色体雄性特异区(MSY区)进行扫描与分析,对获得的Y染色体基因组数据进行单核苷酸多态性(SNPs)位点分析,计算单倍型多样度和核苷酸多样度,利用MEGA 11-64 软件中的NJ法构建Y染色体基因组系统发育树,并用Network软件绘制单倍型网络图.结果表明:共获得 2 553 个Y-SNPs位点.威宁牛和关岭牛的 Y染色体基因组单倍型多样度分别为 0.947±0.034 和 0.978±0.054,核苷酸多样度分别为 0.322±0.045 和 0.020±0.004.10 头关岭牛共定义 7 种单倍型,均属Y3 单倍型组,具有Y3a和Y3b 2 种亚单倍型组,其中Y3a为优势亚单倍型组,占比为90%,Y3b占比为10%.20 头威宁牛共定义12 种单倍型,属于Y1、Y2 和Y3 单倍型组,其中Y1 占比为 10%,Y2a占比为 25%,Y3a(优势亚单倍型组)占比为 45%,Y3b占比为 20%.10 头关岭牛与 20 头威宁牛均主要为瘤牛血统,且优势亚单倍型组一致,但威宁牛父系起源较为复杂.说明两个黄牛品种威宁牛与关岭牛均具有较丰富的父系遗传多样性,父系遗传结构有明显差异.