高粱泡叶绿体基因组特征分析

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作   者：

赵文植;  董章宏;  辛静;  沈伟祥;  王飞;  徐建;  常晓勇;  辛培尧; 

作者机构：

昆明市市级机关绿化基地管理处;  西南林业大学; 

关键词：

密码子;  系统发育;  叶绿体基因组;  高粱泡; 

期刊名称：

云南农业大学学报(自然科学版)

i s s n：

1004-390X

年卷期：

2022 年 37 卷 003 期

页   码：

435-446

摘   要：

[目的]解析高粱泡(Rubus lambertianus)叶绿体基因组特征.[方法]采用高通量测序技术对高粱泡叶绿体基因组进行测序,经组装和注释后,对其叶绿体基因组进行结构、基因组成及密码子偏好性等特征分析,并使用maximum?likelihood法构建高粱泡与48个悬钩子属及2个路边青属植物的系统发育树.[结果]高粱泡叶绿体基因组结构为经典四段式结构,其大小为156266?bp,总GC含量为37.2%,大单拷贝区和小单拷贝区长度分别为85849和18855?bp,反向互补重复区长度为25781?bp,共注释131个基因,包含86个蛋白质编码基因、37个tRNA基因和8个rRNA基因.高粱泡叶绿体基因组密码子中有33个以A、U结尾,18个密码子确定为最优密码子;ENC-plot等绘图分析揭示其密码子偏好性更多地受自然选择影响.系统发育树表明:高粱泡与棕红悬钩子亲缘关系最近,其次是蛇泡筋和锈毛莓.[结论]高粱泡的叶绿体基因组相对较大,且较为保守,并与棕红悬钩子亲缘关系最近.研究结果可为高粱泡乃至悬钩子属植物叶绿体基因组系统进化分析提供重要的理论参考.