分子动力学模拟中支持CIF蛋白质文件格式

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作   者：

王恒越;  张志勇; 

作者机构：

中国科学技术大学物理学院物理系; 

关键词：

PDB格式;  蛋白质数据库;  分子动力学模拟;  CIF格式;  GROMACS; 

期刊名称：

中国科学技术大学学报

i s s n：

0253-2778

年卷期：

2024 年 54 卷 003 期

页   码：

1-7

摘   要：

分子动力学(MD)模拟能够以非常精细的时间分辨率捕捉蛋白质的全原子动态行为,因此它已经成为蛋白质动力学研究的重要工具.当前有多种MD软件包被广泛使用.MD模拟需要从一个蛋白质初始结构开始,而初始结构一般来自蛋白质数据库(PDB).直到 2014 年,PDB文件格式一直是蛋白质结构的标准格式.然而,PDB格式存在一些内在缺陷,例如以固定宽度存储结构信息,这对于超大型蛋白质复合物来说存在问题.因此,CIF文件格式被提出来替代PDB格式,前者的特点是具有出色的扩展性.据我们所知,目前主流的MD软件包只支持PDB格式,而不直接支持CIF 格式.在本研究中,我们修改了一个MD软件包GROMACS 的源代码,使其能够支持输入CIF格式的蛋白质结构文件,并生成拓扑文件.这项工作将简化大型蛋白质复合物MD模拟中的预处理过程.