基于TCGA数据库生物信息学分析构建肾癌N6-甲基腺苷相关LncRNA配对模型及其预后预测价值研究

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作   者：

钟双泽;  陈尚金;  林汉胜;  罗远成;  胡国帆;  何京伟; 

作者机构：

广东医科大学附属阳江医院;  广东医科大学; 

关键词：

生物信息学;  长链非编码RNA;  N6-甲基腺苷;  肾癌; 

期刊名称：

现代检验医学杂志

i s s n：

1671-7414

年卷期：

2024 年 39 卷 002 期

页   码：

68-74

摘   要：

目的 探究基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库生物信息学分析构建肾癌N6-甲基腺苷相关长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)配对模型及其预后预测价值.方法 从TCGA数据库中下载肾癌的RNA-sep转录组数据及相关临床信息,后通过Perl软件对转录组数据进行数据整理、分离LncRNA和信使RNA(messenger RNA,mRNA).总共得到 564 例肾癌患者的肾癌组织和 72 例正常组织,最终纳入 540 例肾癌患者.使用caret将 540 例肾癌患者采用随机数据表法分为训练集组(n=275)和验证集组(n=265).根据单因素和多因素COX回归分析建立N6-甲基腺苷相关LncRNA配对模型.以LASSO回归算法获取风险评估方程.根据该方程分别计算出风险评分,并以中位风险值最佳临界点将所有患者分为高风险组及低风险组.采用Kaplan-Meier生存分析对总体样本中高、低风险组患者的生存差异作出生存曲线图.利用Cluster Profiler软件包中对基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百库全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)进行通路富集分析.运用R软件分析N6-甲基腺苷相关LncRNA配对模型与免疫细胞浸润的关系.结果 根据Kaplan-Meier生存分析显示,在训练组中,低风险组患者总生存期明显高于高风险组患者(P<0.05).与高风险组相比,低风险组G1~2,G3~4,Ⅰ~Ⅱ期、Ⅲ~Ⅳ期、年龄≤65 岁、>65 岁患者总生存期较高(P<0.05).对高、低风险组获取差异基因富集分析:主要富集含有肌收缩、横纹肌细胞分化、肌原纤维、受体激活活性、血管平滑肌收缩等.高风险组和低风险组最高的驱动基因进行展示变异频率及变异信息,其风险评分与T细胞、浆细胞的浸润程度呈正相关(r=0.638,P=0.001).结论 基于生物信息学分析N6-甲基腺苷相关LncRNA配对模型有助于预测肾癌患者的预后.为肾癌预后评估和最佳治疗策略提供了新思路,有助于未来进一步分析胃癌发生及发展的分子机制.